Crysis 3 продолжает историю Пророка, перенося игроков в 2047 год. Нью-Йорк, теперь скрытый под джунглями, испещренный реками и болотами, разделен на семь уникальных районов, известных как «Семь Чудес». Эти масштабные изменения ландшафта стали возможны благодаря действиям корпорации CELL, которая накрыла город специальным «нанокуполом» (Nanodome), превращая его в огромную карантинную зону. Здесь бродят остатки инопланетных сил цефов (Ceph), а также военные подразделения и сотрудники CELL, жаждущие изучить инопланетные технологии поближе.